Emalgesa realiza el control de calidad del agua suministrada conforme al Real Decreto 140/2003 por el que se aprueba el Reglamento Técnico Sanitario y sigue un protocolo de autocontrol y gestión del abastecimiento según este Real Decreto visado por la Consejería de Salud.
 
Los resultados de estos controles analíticos son trasladados al Sistema de Información Nacional de Agua de Consumo (S.I.N.A.C.) del Ministerio de Sanidad y Consumo, un sistema de información sanitario que recoge datos sobre las características de los abastecimientos y la calidad del agua de consumo humano que se suministra a la población española.
 
Según el Real Decreto 140/2003, para Algeciras se precisa realizar 57 análisis de control y 8 análisis completos, Emalgesa no sólo cumple estas exigencias, sino que las supera realizando 332 análisis de control y 15 completos.
 
Todos los resultados de los análisis se sitúan dentro de los parámetros de la potabilidad.
 
Los análisis de tipo "Completo" necesarios para garantizar la calidad del agua de consumo de Algeciras son realizados por los laboratorios de FCC Aqualia en Jerez de la Frontera, que posee la acreditación de la Entidad Nacional de Acreditación - ENAC- bajo la norma UNE- EN ISO/IEC 17025.
 
Así mismo, como parte de la empresa están incluidos en las certificaciones de acuerdo a la Norma UNE-EN ISO 9001/2000, y a la Norma UNE-EN ISO 14001:2004.
 
Esto garantiza que, tanto los laboratorios, como los resultados obtenidos en ellos se ajustan a los patrones internaciones de calidad establecidos en dichas Normas y cumplen con lo exigido por el R.D. 140/2003 en su artículo 16, apartados 1 y 2.
 
El laboratorio de Emalgesa para los análisis de tipo "Control" de agua potable en Algeciras se encuentra situado en la sede de Emalgesa. Está dotado con la más moderna instrumentación de análisis, así como una exhaustiva y documentada técnica analítica. Este laboratorio está autorizado por la Dirección General de Salud Pública y Participación de la Consejería de Salud de la Junta de Andalucía para la realización de análisis fisicoquímicos y microbiológicos de aguas de consumo.
 
Además de estas analíticas completas y de control, realizadas tanto en los depósitos como en la red de distribución, se toma un mínimo de 5 muestras diarias para el control del cloro residual libre que hay en el agua de la red de distribución. Para ello se tienen definidos 22 puntos diferentes de muestra en partes de comienzo, mitad y final de la red, que se toman diariamente de forma rotativa.
 
Emalgesa tiene la autorización de la Dirección General de Salud Pública para la distribución de agua potable de consumo público, concediendo el Registro Sanitario de Alimento para el agua potable distribuida. Para la consecución de este Registro Sanitario se ha presentado una exhaustiva memoria del control de calidad del agua potable llevado a cabo por Emalgesa y han sido inspeccionadas las instalaciones por técnicos de la Delegación de Salud. Esto supone un paso más en la certificación de la calidad del agua potable distribuida en Algeciras.